土壤的呼吸是指土壤與大氣之間二氧化碳的交換過程，直接反映了土壤中碳元素的周轉速度，壤呼吸的微小變化將對碳收支平衡產生明顯的影響，甚至與整個大氣環境有關，可以說，土壤的呼吸作用是整個土壤生態系統中不可少的一部分。

土壤碳通量測定系統可以同時顯示呼吸室內部的CO2濃度、溫度和濕度變化以及外部光合有效輻射強度。廣泛應用于農業生態科研、碳源碳匯研究、氣候變化、土地利用方式改變、生態修復研究、土壤微生物活力評估、植物生態研究、昆蟲呼吸、根系呼吸以及水果貯藏。